Nello svolgere le sue attività didattiche e scientifiche la FTL ha sviluppato e continua a sviluppare alcune collaborazioni stabili con altri istituti accademici e culturali.

La FTL ha siglato una convenzione con la Facoltà di scienze della comunicazione (2006).

a) Facoltà di Teologia dell’Università di Friborgo (CH) (2000);
b) Istituto di Diritto canonico della Facoltà di Teologia cattolica di Vienna (2002);
c) Università Cattolica del Sacro Cuore di Milano (2004);
d) Facoltà di Scienze della formazione dell’Università Cattolica del Sacro Cuore di Milano (2004);
e) Facoltà Teologica di Sicilia San Giovanni Evangelista di Palermo (2006);
f) Facoltà di Diritto canonico della Pontificia Università Lateranense (2007);
g) Dipartimento di Filosofia della Facoltà di Lettere dell’Università di Ginevra (2007);
h) Studium Biblicum Franciscanum di Gerusalemme (2008);
i) SUPSI - Dipartimento Formazione e Apprendimento, Locarno (2008);
l) Scuola Universitaria di Musica del Conservatorio della Svizzera Italiana (2009).

Con altre istituzioni non accademiche

a) Diocesi di Lugano
La FTL dall’a.a. 2004-2005 organizza, in collaborazione con la Diocesi di Lugano, un triennio di formazione specifica per presbiteri diocesani che non hanno ancora compiuto il quinto anno di ordinazione. Ogni anno comprenderà 3 unità didattiche con temi come Storia dell’Evangelizzazione delle Terre ticinesi, La nuova Legge Civile Ecclesiastica, L’amministrazione di una parrocchia, Le tradizioni liturgiche diocesane, ecc.
Il programma dettagliato di tutto il triennio si può ottenere dalla segreteria della FTL o dal Rettore del Seminario diocesano San Carlo, Prof. Dr. Ernesto W. Volonté.

b) Istituto Diocesano di Catechetica
L’Istituto Diocesano di Catechetica ha come scopo la formazione di operatori pastorali e catechisti. La durata di questa formazione è di tre anni. L’obiettivo centrale del I anno è quello di presentare i contenuti fondamentali del Nuovo Catechismo della Chiesa Cattolica; per il II anno, invece, si tratta di approfondire le conoscenze attorno ai soggetti della Catechesi, con esplicito riferimento alle varie età della vita; nel III anno, infine, si tratta di esercitarsi nelle metodologie proprie e nei linguaggi più aggiornati della proposta catechistica.
A fine ciclo, dopo i relativi esami, l’Istituto Diocesano rilascia il titolo di Esperto in pastorale catechistica.

c) Associazione internazionale AMATECA
All’origine di AMATECA vi è l’iniziativa di un gruppo di teologi, di diversa provenienza linguistica e culturale, riuniti in una associazione. Il loro scopo è realizzare l’elaborazione di una serie completa di manuali per l’insegnamento della teologia nelle facoltà teologiche, nei seminari, negli istituti di scienze religiose e nei corsi di teologia per laici.
Al di là delle differenze di sensibilità e di specializzazione, gli autori di AMATECA hanno come comune riferimento l’opera di Henri de Lubac e Hans Urs von Balthasar, secondo un principio sistematico che guida tutta la ripartizione della materia e che può essere formulato nel modo seguente: Gesù il Cristo, «la chiave, il centro e il fine di tutta la storia umana» (Gaudium et Spes 10,2), non è solamente l’autore della redenzione, ma è anche il capo della creazione. Egli è «l'Alfa e l'Omega» (Ap 21,6) dell’uomo, del cosmo e della loro storia. Tale visione cristocentrica ha permesso di dividere la materia tradizionale in sette sezioni, per un totale di ventidue volumi, pubblicati in undici lingue diverse.
L’Associazione internazionale AMATECA, che ha sede giuridica a Lugano, è stata fondata da Mons. Eugenio Dr. Corecco, già Vescovo di Lugano e fondatore della FTL, ed è ora presieduta da S. Em. Cardinale Christoph Dr. Schönborn e coordinata dal Prof. Dr. Libero Gerosa. Il Consiglio di Facoltà del 12 marzo 2008 ha deciso di cooptare nel Consiglio Direttivo di Eupress FTL un rappresentante di AMATECA fra i diversi docenti della FTL che collaborano alla Collana.

d) Società Teleserma (Rete55/La6 TV) di Varese (2006)

e) Città di Lugano (2006)
Convenzione con il Museo delle Culture Extraeuropee di Lugano (MCEL).

f) Città di Locarno (2007)
Convenzione con il Centro studi Orizzonti filosofici (ORFIL).

g) Franklin College di Lugano (2007)